Die Fusionskontrolle bildet zusammen mit dem Kartellverbot und der Missbrauchsaufsicht einen Schutz des Binnenmarktes vor Wettbewerbsverfälschung. Das Hauptaugenmerk bei der Fusionskontrolle liegt dabei auf dem Schutz der bestehenden Marktstrukturen vor einer Störung der Marktkonzentrationen, welche im Ergebnis zu einem Schaden des Wettbewerbs und einer Einschränkung der Handlungsfreiheit der einzelnen Marktteilnehmer führen würde. Ferner soll gewährleistet werden, dass der Umstrukturierungsprozess durch den Zusammenschluss von Unternehmen keine dauerhafte Schädigung des Wettbewerbs verursacht. Dies erreicht die Fusionskontrolle mit dem Verbot einer geplanten Fusion, also einer Wahrung des status quo. Aus dieser Gegebenheit ergeben sich viel Unterschiede zum Kartellverbot und Missbrauchsverbot, welche beide auf ein in der Vergangenheit liegendes Ereignis reagieren. Ihre Anwendung erfolgt also auf einer Betrachtung ex- post. Ein Verstoß gegen das Kartellverbot oder Missbrauchsverbot wird nur dann bestraft, wenn es den Unternehmen nach den allgemeinen Regeln beweisbar ist. Ganz anders verhält es sich mit der Fusionskontrolle, dessen Wesen schon mit Blick auf die Zukunft gerichtet ist. Sie reagiert nicht erst, nachdem ein Schaden festgestellt wurde, sondern versucht vielmehr eine Schädigung des Wettbewerbs vorbeugend zu verhindern.
Falls nun die Marktstruktur durch einen geplanten Zusammenschluss zum Nachteil des Wettbewerbs verändert werden droht, wird auf Grundlage der Fusionskontrolle in den Zusammenschlussvorgang eingegriffen und dieser versagt oder nur unter bestimmten Auflagen erlaubt. Dafür ist notwendigerweise eine Analyse der zukünftigen Situation des Wettbewerbes und die Auswirkungen des Zusammenschlusses auf diesen, mithin eine Prognoseentscheidung, erforderlich. Zusätzlich zum Wettbewerbsschutz bildet ein Zusammenschlussverbot auch noch eine strukturelle Maßnahme dergestalt, dass der Schwerpunkt der Versagung eines Zusammenschlusses auf dem Schutz der bestehenden Marktstruktur liegt. In solchen bestimmten Fällen ist aber insbesondere auf die Verhältnismäßigkeit der Maßnahme Rücksicht zu nehmen.
Gerechtfertigt wird die Fusionskontrolle aus einem sogenannten Erst- Recht- Schluss aus der Entscheidung des Gerichtshofs der Europäischen Union in der Rechtssache Continental Can. Hier hat der Gerichtshofs der Europäischen Union festgestellt, dass ein Unternehmen mit marktbeherrschender Stellung die Mehrheit der Aktienanteile eines Wettbewerbers nicht erwerben darf. In einem weiteren Urteil wurde festgestellt, dass der Schutz des Wettbewerbs nur lückenhaft sichergestellt sei, wenn Unternehmenszusammenschlüsse in ihren Auswirkungen nicht aber schon in ihrer Entstehung kontrolliert werden könnten.