Die Truppendienstgerichte entscheiden als erstinstanzliche Bundesgerichte in den ihnen nach der Wehrdisziplinarordnung und der Wehrbeschwerdeordnung zugewiesenen Rechtssachen aus dem Dienstbereich der Deutschen Bundeswehr. Zurzeit gibt es zwei Truppendienstgerichte, nämlich das Truppendienstgericht Nord mit Sitz in Münster und das Truppendienstgericht Süd mit Standort in München. Beide Truppendienstgerichte unterhalten Aussenkammern um in der Fläche näher bei den Truppenteilen zu sein. Das Truppendienstgericht Mitte in Koblenz wurde bereits 1992 im Zuge der Verkleinerung der Bundeswehr nach Ende des kalten Krieges aufgelöst. Die Truppendienstgerichte sind im Zuständigkeitsbereich des Bundesministeriums der Verteidigung und fungieren als Dienstgerichte für Disziplinarverfahren gegen Soldaten und für Verfahren über Beschwerden von Soldaten.
Verhandelt werden die Verfahren mit einem Berufsrichter und zwei ehrenamtlichen Richtern, die der Dienstgradgruppe der angeschuldigten Soldaten entstammen. Der Berufsrichter ist dabei kein Soldat sondern ganz normaler Richter. Eigene Wehrstrafgerichte dürfen nach dem Grundgesetz nur im Verteidigungsfall und nur über Angehörige der Streitkräfte urteilen, die in das Ausland versetzt oder an Bord von Kriegsschiffen eingeschifft sind. Grundlage für die Verhandlungen ist dann das Wehrstrafgesetz. Von dieser Möglichkeit hat die Regierung jedoch noch keinen Gebrauch gemacht. Für Straftaten der Soldaten im Auslandseinsatz sind daher die ordentlichen Gerichte in der Heimat des Soldaten zuständig. Wenn ein Fall dann sowohl vor dem normalen Gericht und auch vor einem der Truppendienstgerichte verhandelt wird und beide mit einer Strafe für den betroffenen Soldaten endet ist dies allerdings keine unzulässige Doppelbestrafung, da ein Urteil des Truppendienstgerichts als Disziplinargericht lediglich erzieherische Funktion hat.
Wichtig sind die Truppendienstgerichte allerdings auch im Grundrechtsschutz für Soldaten. Wenn ein Disziplinarvorgesetzter einen Arrest gegen einen Soldaten ausspricht, so unterliegt dieser Arrest ab dem dritten Tag dem sogenannten Richtervorbehalt. Der zuständige Richter des Truppendienstgerichts entscheidet dann ob die freiheitsentziehende Maßnahme verhältnismäßig ist und ob die Grundrechte des betroffenen Soldaten eingehalten wurden. Als Vertreter der Bundeswehr stehen eigene Wehrdisziplinaranwälte zur Verfügung.
Sollten Urteile der Truppendienstgerichte mit Rechtsmitteln angegriffen werden, so sind die Wehrdienstsenate des Bundesverwaltungsgerichts in Leipzig zuständig. Vertreter der Anklage ist hier der sogenannte Bundeswehrdisziplinaranwalt. Seine Stellung ist vergleichbar mit der des Generalbundesanwaltes beim Bundesgerichtshof.