Die Gerichte und die gesamte Justiz müssen Grundrechte beachten, da ihre Handlungen hoheitliche Akte der öffentlichen Gewalt sind. Grundrechtsverstöße der Gerichte sind in höherer Instanz angreifbar. Als höchster Hüter der Grundrechte steht das Bundesverfassungsgericht in Karlsruhe, das auch den Rang eines Staatsorgans hat. An dieses können sich Bürger nach erfolglos beschrittenem Rechtsweg wenden, wenn sie der Meinung sind, ihren Grundrechten wurde nicht genug Gehör in den einzelnen Instanzen geschenkt. Das Bundesverfassungsgericht überprüft dann in der Verfassungsbeschwerde ob die Grundrechte ausreichend angewendet worden sind.
Die anderen Bundesorgane können Gesetze bei denen Zweifel wegen der Verfassungsmäßigkeit besteht den Richtern des Bundesverfassungsgerichts zur sog.
abstrakten Normenkontrolle vorlegen. Diese überprüfen dann das Gesetz darauf, ob es mit dem Grundgesetz im Einklang steht. Tut es dies nicht, so kann es das Bundesverfassungsgericht für nichtig erklären.
Auch der normale Richter/ die normale Richterin kann sich, wenn er Zweifel an der Verfassungsmäßigkeit einer von ihm/ihr anzuwendenden Norm hat, an das Bundesverfassungsgericht wenden. Mit der sog. konkreten Normenkontrolle überprüft dann das Verfassungsgericht, ob die anzuwendende Norm oder das Gesetz mit der Verfassung in Einklang steht.
Wichtig im Zusammenhang mit den Gerichten ist die Durchsetzung der Verfahrensgrundrechte der Verfahrensbeteiligten, wie rechtliches Gehör oder Richtervorbehalte. Im gerichtlichen Alltag müssen auch die Grundrechte der Prozessbeteiligten beachtet und durchgesetzt werden. Hierbei hilft insbesondere die Rechtspflege mit Zeugenbetreuung und Maßnahmen zur Aufrechterhaltung des allgemeinen Persönlichkeitsschutzes. Gerade auch dann wenn Prominente vor Gericht auftreten müssen und die öffentlichen Verhandlungen von den Medien regelrecht gestürmt und belagert werden.
Auch der restliche Justizbetrieb neben den Gerichten muss die Grundrechte beachten und durchsetzen. Das fängt in der Justizverwaltung im Grundbuchamt oder in der Handelsregisterstelle an und geht bis zum Gerichtsvollzieher, der die Urteile der Gerichte umsetzt und vollstreckt. Er setzt hierbei oft das um was Bürger vor Gericht angemahnt hatten und nun durchgesetzt werden muss. Wie eine Zwangsräumung einer Wohnung, bei der die Eigentumsfreiheit auf der einen und die Unverletzlichkeit der Wohnung auf der anderen Seite steht.
Des Weiteren müssen ebenso die Gefängnisse, also die Justizvollzugsanstalten, die Grundrechte in ihrem Bereich umsetzen und für die Gewährleistung sorgen. Gerade in diesem Umfeld mit den Gefangenen, die sich in einem sog. Sonderstatusverhältnis befinden, ist es wichtig die Grundrechte richtig anzuwenden und korrekt durchzusetzen. Nur so kann der Justizvollzug seine Aufgabe nämlich die Gesellschaft vor Straftätern schützen und die Gefangenen auf ein Leben in Freiheit ohne Straftaten vorzubereiten, erfüllen.