Die Zuständigkeiten der einzelnen Behörden auf dem Gebiet des Bundesnaturschutzes differenzieren je nach Art der Tätigkeit. Bei den Behörden die für Naturschutz und Landschaftspflege zuständig sind, handelt es sich entweder um die nach dem entsprechenden Landesrecht für Naturschutz und Landschaftspflege zuständigen Behörden oder aber um das Bundesamt für Naturschutz, soweit ihm nach dem Bundesnaturschutzgesetz Zuständigkeiten zugewiesen werden. Das bedeutet, dass zunächst einmal die landesrechtlich zuständigen Behörden zuständig sind. Welche Behörde dabei genau gemeint ist, ergibt sich aus dem jeweiligen Landesrecht der Bundesländer. Dadurch wird die dort herrschende Struktur bewahrt und respektiert. Das Bundesamt für Naturschutz kann zwar grundsätzlich auch zuständig sein, dies wird ihm jedoch nicht überlassen. Vielmehr darf das Bundesamt für Naturschutz lediglich dann Handlungen auf dem Gebiet des Naturschutzes und der Landschaftspflege vornehmen, wenn ein Gesetz ihm diese explizit zuweist. Das Bundesamt für Naturschutz darf also nicht von alleine auf diesem Gebiet tätig werden.
Eine wichtige Aufgabe der Behörden ist die Überwachung der Einhaltung der Vorschriften des Bundesnaturschutzgesetzes. Ohne eine Beobachtung blieben solche Verstöße ansonsten nicht sanktioniert. Dies würde in einem eklatanten Widerspruch zum Ziel des Bundesnaturschutzgesetzes stehen. Aus diesem Grund ist eine Überwachung der Einhaltung der Regelungen des Bundesnaturschutzgesetzes enorm wichtig. Auch die Einhaltung der Normen, die auf der Grundlage des Bundesnaturschutzgesetzes erlassen wurden, ist Gegenstand der Kontrolle. Nur so kann gewährleistet werden, dass sich alle Betroffenen an die Vorschriften des Bundesnaturschutzgesetzes und der damit zusammenhängenden Regelungen halten. Sollten die Behörden Konstellationen erkennen, in denen die Gesetze nicht eingehalten werden, so treffen sie nach ihrem pflichtgemäßen Ermessen die im jeweiligen Einzelfall erforderlichen Maßnahmen, um deren Einhaltung sicherzustellen. Es handelt sich hierbei um eine sehr weite Eingriffsmöglichkeit der Behörden. Wenn das Gesetz keine bestimmte Handlung vorsieht, um gegen die illegalen Zustände vorzugehen, können die Behörden selbst entscheiden, welche Maßnahme sie treffen, um den Zustand zu unterbinden.
Selbstverständlich ist aber auch die Behörde in einem solchen Fall nicht völlig frei. Die Behörden sind bei ihren Entscheidungen zumindest an den Grundsatz der Verhältnismäßigkeit gebunden. Sie dürfen also nicht völlig unverhältnismäßige Maßnahmen anordnen. Vielmehr muss die Maßnahme zunächst einmal einen legitimen Zweck verfolgen. So darf sie beispielsweise nicht lediglich der Diskriminierung dienen. Darüber hinaus muss sie geeignet sein, diesen Zweck zu erfüllen. Um den von der Maßnahme Betroffenen nicht über das erforderliche Maß hinaus zu beeinträchtigen, muss die Maßnahme erforderlich sein. Das bedeutet, dass es kein milderes, aber dennoch gleich wirksameres Mittel zur Zweckerreichung geben darf. Ferner nur die Maßnahme angemessen sein. Das bedeutet, dass die Maßnahme im Verhältnis zu dem verfolgten Zweck nicht unverhältnismäßig erscheinen darf. Dadurch werden sowohl die Interessen des Adressaten des Bundesnaturschutzgesetzes als auch die der Behörde, die das Interesse des Naturschutzes verkörpert, beachtet. Es hat ein schonender Ausgleich beider Interessen stattzufinden.
In manchen Fällen steht der Behörde jedoch kein Ermessen zu, welche Maßnahme sie trifft. Das ist dann der Fall, wenn das Gesetz bereits eine bestimmte Maßnahme für den Fall der Zuwiderhandlung einer Regelung des Bundesnaturschutzgesetzes anordnet. Ordnet es hingegen verschiedene Maßnahmen an, kann die zuständige Behörde zwischen den genannten Maßnahmen eine Entscheidung treffen. Auch hierbei muss sie jedoch den Grundsatz der Verhältnismäßigkeit beachten.
Handelt es sich um Maßnahmen des Naturschutzes und der Landschaftspflege, so soll die Behörde vorrangig prüfen, ob der von ihr verfolgte Zweck mit angemessenem Aufwand auch durch vertragliche Vereinbarungen erreicht werden kann. Dieser Regelung liegen verschiedene Ansinnen zu Grunde. Zunächst einmal können durch vertragliche Vereinbarungen flexiblere Gestaltungsmöglichkeiten erreicht werden. Beide Parteien bringen ihre Vorstellungen ein. Zwischen den Parteien wird anschließend verhandelt und in den meisten Fällen ein für beide Parteien vertretbares Ergebnis gefunden. Hierbei handelt es sich meistens um einen Kompromiss, der die Interessen beider Parteien berücksichtigt. Auch der gesellschaftliche Aspekt von vertraglichen Vereinbarungen sollte in diesem Zusammenhang nicht unterschätzt werden. In den allermeisten Fällen werden Regelungen eher befolgt, wenn an diesen gestalterisch mitgearbeitet wurde. Nur so bekommen die beteiligten Parteien das Gefühl, ihre eigenen Interessen gewahrt zu haben und nicht von der Behörde eine Vorschrift aufgezwungen bekommen zu haben. Die Akzeptanz der Vereinbarungen ist in einem Konsens wesentlich höher als wenn diese einseitig zwingend angeordnet werden.
Die Ausführung von landschaftspflegerischen und -gestalterischen Maßnahmen sollen die zuständigen Behörden soweit ihnen dies möglich ist - land- und forstwirtschaftlichen Betriebe, Vereinigungen, in denen Gemeinden oder Gemeindeverbände, Landwirte und Vereinigungen, die im Schwerpunkt die Ziele des Naturschutzes und der Landschaftspflege fördern, gleichberechtigt vertreten sind übertragen. Ebenso können sie anerkannte Naturschutzvereinigungen oder Träger von Naturparken mit der Ausführung der Arbeiten beauftragen. Allerdings umfasst die Beauftragung lediglich die Ausführung der Arbeiten. Das bedeutet, dass die hoheitlichen Befugnisse gerade nicht übertragen werden.
Bereits im Vorfeld von Maßnahmen soll eine möglichst breite Information stattfinden. Das bedeutet, dass die zuständigen Behörden von Land und Bund schon im Rahmen der Vorbereitung aller öffentlichen Planungen und Maßnahmen, welche die Belange des Naturschutzes und die Belange der Landschaftspflege berühren können, die Behörden, die für den Naturschutz und die Landschaftspflege zuständig sind entsprechend informieren und ihnen die Gelegenheit zu einer Stellungnahme zu geben. Diese muss nicht wahrgenommen werden, es genügt, wenn eine Wahrnehmung der Stellungnahme möglich ist. Ansonsten könnte das Verfahren blockiert werden, was den Zielen des Naturschutzes und der Landschaftspflege nicht entsprechen würde. Die Möglichkeit der Stellungnahme ist dann nicht erforderlich, wenn das Gesetz eine andere Art der Beteiligung vorsieht. In solchen Fällen genügt die angeordnete Beteiligung.
Dieselbe Informationspflicht gilt für die für Naturschutz und Landschaftspflege zuständigen Behörden in den Fällen, in denen Planungen und Maßnahmen des Naturschutzes und der Landschaftspflege den Aufgabenbereich anderer Behörden berühren können. Der Aufgabenbereich muss also noch nicht tatsächlich berührt sein, es genügt vielmehr, wenn diese Möglichkeit grundsätzlich besteht. Nur so können verschiedene Behörden ihre Maßnahmen auf diesem Gebiet miteinander abstimmen. Auch die von den Maßnahmen Betroffenen und die Öffentlichkeit, die sich für Maßnahmen auf dem Gebiet des Naturschutzes und der Landschaftspflege interessiert, müssen frühzeitig unterrichtet werden. Ansonsten haben sie keine Gelegenheit, sich in das Verfahren miteinzubringen, Ideen und Anmerkungen zu dem Thema zu erläutern und zu diskutieren. Die Gemeinden und Gemeindeverbände haben auf dem Gebiet des Naturschutzes und der Landschaftspflege grundsätzlich keine Zuständigkeiten. Diese obliegen ihnen lediglich dann, wenn das Landesrecht ihnen Aufgaben auf diesem Gebiet überträgt. Selbständig können sie ohne eine entsprechende landesgesetzliche Regelung hingegen nicht tätig werden.