Auch Strafgefangene haben während ihrer Zeit in Haft ein Recht auf Religion und Glauben, dieses Recht wird ihnen durch den Grundrechtskatalog der Bundesrepublik Deutschland garantiert. Aus diesem Grund sind sowohl katholische als auch evangelische Seelsorger in den Justizvollzugsanstalten tätig, deren Dienst können die Gefängnisinsassen in Anspruch nehmen, wenn sie es wollen.
Zu deren Aufgaben gehört es zunächst die Gefangenen im Gefängnis zu begleiten. Deshalb ist es auch die Voraussetzung für einen Gefängnisseelsorger, dass er besonders stark und psychisch stabil ist, denn er muss mit dem umgehen können, was ihm die Straftäter berichten. Diese Gespräche können auch die schlimmen und grausamen Taten betreffen, die die Gefängnisinsassen begangen haben. Die Gefangenen können sich bei den Seelsorgern sicher sein, dass sie alles was sie ihm erzählen für sich behalten werden, denn die Seelsorger sind zum Schweigen verpflichtet. Jedoch betrifft dies nur die bereits begangenen Taten, kündigt ein Straftäter beispielsweise an, dass er wenn er bald entlassen ist, erneut vorhat einen Menschen zu ermorden, so kann der Gefängnisseelsorger dies melden wenn er die Ankündigung für realistisch erachtet, ohne seine Schweigepflicht zu verletzen. Erzählt ein Mörder ihm aber die genauen Details seiner Morde, wie er jemanden umgebracht hat, wie viele Menschen es waren oder wo er das Tatwerkzeug versteckt hat, so darf der Seelsorger diese Informationen nicht weitergeben, auch wenn die Tat dadurch nie richtig aufgeklärt werden kann.
Dies kann unter Umständen sehr schwer für die Angehörigen des Opfers sein, denn wenn der Täter zu den genauen Umständen der Tat schweigt und nur zugibt, dass er den Mord an der Tochter begangen hat, so werden die Eltern und die restliche Familie nie erfahren, wie genau ihre Tochter umgekommen ist, ob sie besonders leiden musste oder ob es schnell ging. Denn oftmals kann durch die pathologischen Untersuchungen der Rechtsmediziner auch nicht alles bezüglich der Tat nachgewiesen werden, insbesondere dann, wenn die Leiche bereits stark verwest war.
Man kann also sehen, dass die Gefängnisseelsorger sehr starken Belastungen ausgesetzt sind, denn sie tragen Informationen und Wissen mit sich herum, welches sonst niemand kennt. Sie begegnen den Häftlingen unvoreingenommen und hören ihnen zu. Sie wollen den Menschen dabei helfen, sich ihrer Schuld zu stellen und einen neuen Anfang zu wagen Dies kann auch den Straftäter viel bringen, denn möglicherweise haben sie bei einem unparteiischem Seelsorger erstmals die Möglichkeit offen über ihre Straftat zu besprechen, ohne dass dies Konsequenzen für sie bringt. Sie können hier reflektieren und den Unrechtsgehalt der Tat mit der Hilfe der Religion und der Bibel verstehen. Dabei helfen ihnen auch der Gottesdienst, der regelmäßig in eigenen Anstaltskirchen stattfindet und die Spendung der Sakramente.
Die Anstaltsseelsorger können auch bei den Sitzungen der Vollzugsplankonferenzen teilnehmen und ihre Eindrücke und Ideen bezüglich der Behandlung einzelner Gefangener einbringen. Auch Initiativen aus ihrem Bereich können sie auf dieser Ebene starten. Vom Chor über einen Orgelspielkurs bis hin zur Bastelstunde vor Weihnachten oder der Kerzengestaltung vor dem Osterfest ist einiges denkbar.
Die Seelsorger kümmern sich aber nicht nur um die Straftäter selbst, sie stehen auch den Familien der Inhaftierten bei. Denn diese müssen mit der Belastung der Trennung von ihrem Angehörigen und einer möglichen sozialen Ausgrenzung weiter leben. In den meisten Fällen ist es wohl so, dass sich die Freunde abwenden und man von den Bewohnern seines Dorfes oder seines Stadtteils schräg angeschaut wird, wenn ein Angehöriger eine Straftat begangen hat. Umso schlimmer die Tat umso mehr wird man gesellschaftlich ausgegrenzt. Das zu verkraften und die Tat des Angehörigen zu verarbeiten kostet Kraft und diese können sich die Angehörigen mit der Hilfe des Gefängnisseelsorgers erarbeiten. Somit steht der Seelsorger also auch im Dienst der Angehörigen, auch deren Leid und Sorgen wird an ihn heran getragen. So werden in manchen Gefängnissen auch Eheseminare abgehalten in denen beide Betroffenen ihre Sicht der Dinge schildern können. Der Seelsorger fungiert dabei als Moderator. Daneben sind die Anstaltsseelsorger natürlich auch Betriebsseelsorger der im Strafvollzug tätigen Bediensteten. Auch für sie werden Angebote, wie Supervision, angeboten. Dabei kann man dann über sein Handeln in bestimmten Grenzsituationen nachdenken und Konsequenzen für die Zukunft ableiten.