Die Beendigung einer eingetragenen Genossenschaft erfolgt in zwei Schritten. Der erste Schritt ist die Auflösung, der zweite die Auseinandersetzung. Erst mit Abschluss dieser beiden Schritte ist die Genossenschaft wirklich beendet und hört auf zu existieren.
Es gibt verschiedene Gründe für die Auflösung einer Genossenschaft. Die wichtigsten ergeben sich aus dem Gesetz. Sie können allerdings durch entsprechende Regelungen in der Satzung der Genossenschaft ergänzt oder eingeschränkt werden. Eine nur für bestimmte Zeit gegründete Genossenschaft wird mit Ablauf dieser Zeit aufgelöst. Unabhängig von ihrer Dauer wird eine Genossenschaft aufgelöst, wenn über ihr Vermögen das Insolvenzverfahren eröffnet wird. Eine Auflösung erfolgt natürlich vor allem auch dann, wenn die Generalversammlung beschließt, die Genossenschaft aufzulösen. Hierzu ist im Normalfall eine Mehrheit von drei Vierteln aller abgegebenen Stimmen nötig. Ein weiterer bedeutender Auflösungsgrund ist die Auflösung durch ein Gericht. Eine solche gerichtliche Auflösungsentscheidung ergeht, wenn die Genossenschaft weniger als drei volle, nicht lediglich investierende Mitglieder hat. Grundsätzlich ist hierzu der Antrag des Vorstandes nötig. Wird dieser Antrag nicht binnen sechs Monaten gestellt, kann das Gericht von Amts wegen tätig werden. Das bedeutet, dass ein zwingender Auflösungsgrund nicht vorliegt, wenn die Genossenschaft weniger als sechs Monate die Mindestmitgliederzahl nicht erreicht. Eine gerichtliche Auflösung kann auch auf Antrag der obersten Landesbehörde erfolgen, wenn die Genossenschaft durch Gesetzesverstöße das Allgemeinwohl gefährdet und selbst nichts dagegen unternimmt, oder wenn die Genossenschaft nicht zum Zweck der Förderung ihrer Mitglieder betrieben wird.
Tritt ein Auflösungsgrund ein, so ändert das noch nichts am Bestand der Genossenschaft. Lediglich ihr Zweck ändert sich. Der vorher vereinbarte Zweck, welcher auch er es gewesen sein mag, wird nun ersetzt durch die Liquidation, also die Abwicklung der Genossenschaft. Die Auflösung ist ins Genossenschaftsregister einzutragen. Ein Auflösungsgrund liegt nicht vor im Falle des Todes oder der Kündigung eines Mitgliedes, beziehungsweise bei Eröffnung des Insolvenzverfahrens über das Vermögen eines Gesellschafters. Auch die Unmöglichkeit der Erreichung eines speziellen Zweckes ist kein Auflösungsgrund, solange die Genossenschaft grundsätzlich noch auf die Förderung ihrer Mitglieder ausgelegt ist.
Mit dem Eintritt eines Auflösungsgrundes wird die Genossenschaft also in das Abwicklungsstadium versetzt. Hier erfolgt die Auseinandersetzung. Zuständig dafür sind die sogenannten Liquidatoren. Diese werden grundsätzlich vom Vorstand bestellt. Zunächst werden die laufenden Geschäfte beendigt, die Forderungen eingezogen, das übrige Vermögen in Geld umgesetzt und die Gläubiger der Genossenschaft befriedigt. Das, was nach diesem Vorgang noch vom Genossenschaftsvermögen übrig bleibt, wird zwischen den Mitgliedern der Genossenschaft verteilt. Die Verteilung erfolgt nach den Anteilen der Gesellschafter an der Genossenschaft. Die Bücher und Papiere der aufgelösten Genossenschaft werden einem der Mitglieder oder einem Dritten für mindestens zehn Jahre in Verwahrung gegeben. Erst mit Abschluss der Auseinandersetzung ist die Genossenschaft tatsächlich beendet. Solange die Auseinandersetzung noch nicht abgeschlossen ist, kann die Generalversammlung jedoch jederzeit beschließen, die Genossenschaft wieder fortzusetzen. Voraussetzung dafür ist allerdings, dass der Auflösungsgrund behoben wurde. Dieser Beschluss muss von der Generalversammlung mit einer Mehrheit von mindestens drei Vierteln getroffen werden.
Die Abwicklung erfolgt außerdem im Falle der Nichtigkeit der Genossenschaft. Die Nichtigkeit wird durch ein gerichtliches Urteil ausgesprochen. Die entsprechende Klage kann von jedem Mitglied der Genossenschaft, des Vorstandes oder des Aufsichtsrates erhoben werden. Eine Genossenschaft wird für nichtig erklärt, wenn in ihrer Satzung wesentliche Bestimmungen fehlen und auch im Nachhinein nicht eingefügt werden. Hierbei geht es hauptsächlich um Bestimmungen über das Erstellen und Prüfen des Jahresabschlusses, weil die Zahlungsfähigkeit der Genossenschaft besonders wichtig für die Sicherheit des Rechtsverkehrs ist.