Die eingetragene Genossenschaft wird von einem Vorstand geleitet. Dieser Vorstand führt die Geschäfte der Genossenschaft und vertritt sie, sowohl vor Gericht als auch Dritten gegenüber. In der Regel besteht der Vorstand aus nur zwei Mitgliedern. Die Satzung kann jedoch auch eine höhere Anzahl vorsehen. Hat die Genossenschaft höchstens 20 Mitglieder, dann kann die Satzung sogar bestimmen, dass nur ein Vorstandsmitglied notwendig ist. Die Mitglieder des Vorstandes werden von der Generalversammlung gewählt und können von ihr auch wieder abberufen werden. Auch hier kann die Satzung jedoch eine andere Regelung bestimmen. Die einzelnen Mitglieder müssen in das Genossenschaftsregister eingetragen werden. Das gilt auch für den Wechsel einzelner Vorstandsmitglieder. Den Vorstandsmitgliedern kann eine Vergütung gezahlt werden, erforderlich ist das aber nicht.
Vorbehaltlich einer abweichenden Regelung in der Satzung können die Vorstandsmitglieder die Genossenschaft nur gemeinschaftlich vertreten. Wird eine Willenserklärungen der Genossenschaft gegenüber abgegeben, dann reicht es, wenn sie nur einem Vorstandsmitglied zugeht.
Der Vorstand führt die Geschäfte der Genossenschaft in eigener Verantwortung. Sieht die Satzung eine Beschränkung seiner Vertretungsbefugnis vor, dann hat er sie einzuhalten. Setzt er sich dennoch über seine Beschränkungen hinweg, dann führt das nicht zur Unwirksamkeit des betroffenen Rechtsgeschäfts. Er ist dann lediglich der Genossenschaft gegenüber zum Schadenersatz verpflichtet. Die Vertretungsbefugnis lässt sich außer der Höhe nach unter anderem auch noch auf bestimmte Geschäfte, eine bestimmte Zeit oder auch einen bestimmten Ort beschränken. Es kann auch eine Zustimmung des Aufsichtsrates oder der Generalversammlung vorgeschrieben werden. Sieht die Satzung eine Beschränkung der Vertretungsbefugnis vor, oder wird eine derartige Beschränkung später in die Satzung aufgenommen, dann muss sie in das Genossenschaftsregister eingetragen werden.
Ist im Genossenschaftsregister eine Änderung hinsichtlich der Vorstandsmitglieder oder deren Vertretungsbefugnis nicht eingetragen, dann muss ein Dritter diese Änderung nicht gegen sich gelten lassen, wenn er sie nicht kannte. Ist die Änderung allerdings eingetragen, dann muss er sie gegen sich gelten lassen, unabhängig davon, ob er sie kannte. Ist eine Änderung falsch oder fälschlicherweise eingetragen worden, dann kann ein Dritter auch auf die falsche Eintragung berufen, wenn es für ihn nicht erkennbar war, dass die Eintragung fehlerhaft ist.
Der Vorstand ist verpflichtet, eine Mitgliederliste für die Genossenschaft zu führen. In dieser Liste sind sämtliche Mitglieder mit vollem Namen, ihrer Anschrift und der Zahl ihrer Geschäftsanteile einzutragen. Scheidet eine Person aus der Gesellschaft aus, ist auch das in die Mitgliederliste aufzunehmen. Alle Angaben sind mit einem Datum zu versehen. Mitglieder der Genossenschaft haben einen Anspruch auf Einsicht in die Mitgliederliste. Sie können außerdem eine Abschrift der sie betreffenden Eintragungen verlangen. Auch Dritte haben ein Einsichtsrecht, wenn sie ein berechtigtes Interesse an der Einsicht haben. Das Registergericht kann eine Abschrift der Mitgliederliste verlangen.
Der Vorstand ist außerdem dafür verantwortlich, dass eine ordentliche Buchführung stattfindet. Er erstellt außerdem einen Jahresabschluss und einen Lagebericht, den er unverzüglich nach der Erstellung an den Aufsichtsrat weiterleitet. Mit dessen Bemerkungen werden Jahresabschluss und Lagebericht der Generalversammlung vorgelegt. Ergibt sich bei der Führung der Bilanzen ein Verlust in seiner Höhe die Summe aus den Rücklagen und der Hälfte des Gesamtbetrags aller Geschäftsguthaben übersteigt, dann muss der Vorstand unverzüglich die Generalversammlung einberufen und ihr Bericht erstatten.
Die Vorstandsmitglieder sind einigen Sorgfaltspflichten unterworfen. Sie haben bei ihrer Geschäftsführung die nötige Sorgfalt zu beachten. Tun sie dies nicht, müssen sie der Gesellschaft den entstehenden Schaden ersetzen. Das Gleiche gilt, wenn sie vertrauliche Angaben weitergeben. Ein Verstoß gegen die gebotene Sorgfalt liegt insbesondere vor, wenn unerlaubterweise Geschäftsguthaben oder Genossenschaftsvermögen ausgezahlt werden. Das gleiche gilt, wenn den Mitgliedern ohne Erlaubnis Zinsen oder Gewinne ausgezahlt werden. Auch die Genehmigung von Krediten oder die Leistung von Zahlungen im Zustand der Zahlungsunfähigkeit oder Überschuldung ist nur mit Genehmigung zulässig. In den zuletzt genannten Fällen können die Gläubiger der Genossenschaft die Ansprüche selber geltend machen, wenn die Genossenschaft zahlungsunfähig ist. Liegt einer Handlung des Vorstandes ein gesetzmäßiger Beschluss der Generalversammlung zugrunde, dann stellt diese Handlung keine Sorgfaltspflichtverletzung dar. Die Genossenschaft hat das eingegangene Risiko gebilligt, sie kann also in einem Schadensfall keinen Ersatz verlangen.