Das Genossenschaftsregister wird von den Amtsgerichten geführt. Die Eintragungen einer einzelnen Genossenschaft erfolgt bei dem Gericht, in dessen Gerichtsbezirk die Genossenschaft ihren Sitz hat. In das Genossenschaftsregister müssen sowohl die Gründung einer Genossenschaft, als auch ihre Beendigung eingetragen werden. Weiterhin müssen die einzelnen Vorstandsmitglieder eingetragen werden. Das gilt auch für den Wechsel einzelner Vorstandsmitglieder. Sieht die Satzung eine Beschränkung der Vertretungsbefugnis aller oder einzelner Vorstandsmitglieder vor, oder wird eine derartige Beschränkung später in die Satzung aufgenommen, dann muss auch sie in das Genossenschaftsregister eingetragen werden.
Das Genossenschaftsregister verfügt über eine sogenannte Publizitätswirkung. Sie wird in drei Bereiche unterteilt. Den ersten bezeichnet man als die negative Publizitätswirkung. Ist im Genossenschaftsregister eine Änderung hinsichtlich einer eintragungspflichtigen Tatsache nicht eingetragen, dann muss ein Dritter diese Änderung nicht gegen sich gelten lassen, wenn er sie nicht kannte. Ist die Änderung allerdings eingetragen, dann muss er sie gegen sich gelten lassen, unabhängig davon, ob er sie kannte. Dies ist die zweite Publizitätswirkung. Ist eine Änderung falsch oder fälschlicherweise eingetragen worden, dann kann ein Dritter auch auf die falsche Eintragung berufen, wenn es für ihn nicht erkennbar war, dass die Eintragung fehlerhaft ist. Insoweit spricht man von der positiven Publizitätswirkung des Genossenschaftsregisters.
Zur Verdeutlichung einige Beispiele: Ist ein Vorstandsmitglied, welches zur alleinigen Geschäftsführung befugt war, nach dessen Abberufung nicht aus dem Genossenschaftsregister ausgetragen worden, dann kann er die Gesellschaft immer noch wirksam vertreten. Er kann mit einem gutgläubigen Dritten also wirksam einen Vertrag im Namen der Genossenschaft schließen. Das ehemalige Vorstandsmitglied macht sich der Genossenschaft gegenüber jedoch schadenersatzpflichtig, wenn er vorsätzlich handelt. Ist das Vorstandsmitglied jedoch aus dem Genossenschaftsregister gestrichen worden, dann kann auch ein gutgläubiger Dritter sich nicht darauf berufen, dass er dachte, einen Vertrag mit der Genossenschaft abzuschließen. Ist allerdings jemand als zur alleinigen Geschäftsführung befugtes Vorstandsmitglied in das Genossenschaftsregister eingetragen, dann kann er wirksam die Genossenschaft gegenüber einem Dritten vertreten. Hierbei kommt es nicht darauf an, ob die Genossenschaft die fehlerhafte Eintragung zu vertreten hat. Es wird lediglich der Glaube an die Richtigkeit des Registers geschützt.
Die Anmeldung zur Eintragung erfolgt durch den Vorstand. Neben der von allen Gründungsmitgliedern unterschriebenen Satzung muss außerdem eine Abschrift der Urkunden über die Bestellung der Mitglieder des Vorstandes und des Aufsichtsrates beigefügt werden. Zuletzt erforderlich ist noch eine Bescheinigung eines Prüfungsverbandes, dass die Genossenschaft in Anbetracht ihrer persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnisse zum Beitritt zugelassen ist. Die Vorstandsmitglieder müssen dabei auch angeben, über welche Vertretungsbefugnisse sie verfügen. Das Registergericht überprüft daraufhin, ob die Genossenschaft ordnungsgemäß gegründet wurde. Ist dies der Fall, trägt es die Genossenschaft in das Genossenschaftsregister ein und veröffentlicht einen Auszug aus der Satzung. Erst damit entsteht die Genossenschaft rechtskräftig. Entdeckt das Gericht Fehler bei der Gründung, darf es die Eintragung nicht vornehmen.
Weitere Tatsachen, die in das Genossenschaftsregister eingetragen werden müssen, sind die Bestellung eines Prokuristen, die Nachschusspflicht der Mitglieder der Genossenschaft, falls eine solche vereinbart ist und die Eröffnung, die Aufhebung oder die Einstellung eines Insolvenzverfahrens über das Vermögen der Genossenschaft.