Die Generalversammlung setzt sich aus sämtlichen Mitgliedern der eingetragenen Genossenschaft zusammen, die hier ihre Mitgliedschaftsrechte ausüben können. Beschlüsse der Generalversammlung werden durch Abstimmungen gefasst. Hierbei reicht im Regelfall die Mehrheit aller abgegebenen Stimmen aus. Es gibt jedoch Sonderfälle, in denen eine höhere Mehrheit erforderlich ist. Für Wahlen können sich Bestimmungen auch aus der Satzung ergeben. In einer Abstimmung hat jedes Mitglied der Generalversammlung grundsätzlich eine Stimme, unabhängig von der Anzahl ihrer Geschäftsanteile. Die Satzung darf jedoch ein Mehrstimmrecht für besondere Mitglieder erlauben. Dafür müssen jedoch einige Voraussetzungen erfüllt werden. Nur solchen Mitgliedern soll ein Mehrstimmrecht gewährt werden, die in besonderem Maße zur Förderung des Geschäftsbetriebes der Genossenschaft beitragen. Solchen Mitgliedern dürfen bis zu drei Stimmen verliehen werden. Ist für einen Beschluss der Generalversammlung eine Mehrheit von drei Vierteln aller abgegebenen Stimmen oder sogar mehr vorgeschrieben, dann zählen Mehrstimmrechte nicht. In diesen Fällen steht jedem Mitglied nur eine einzige Stimme zu. Etwas anderes gilt für Genossenschaften, deren Mitglieder zu mindestens drei Vierteln Unternehmer sind. Dort können Mehrstimmrechte von jeweils bis zu einem Zehntel aller in der Generalversammlung abzugebenden Stimmen an einzelne Mitglieder übertragen werden. Sind die Mitglieder einer Genossenschaft selbst überwiegend oder sogar ausschließlich eingetragene Genossenschaften, dann ist eine Stimmverteilung auch nach den Geschäftsguthaben oder sonstigen Maßstäben möglich.
Die Mitglieder der Generalversammlung, oder deren gesetzliche Vertreter, sollen bei Abstimmungen ihre Stimme persönlich abgeben. Eine Vertretung ist allerdings möglich, wenn hierfür eine schriftliche Vollmacht erteilt wird. Die Satzung kann vorsehen, dass die Stimme auch mittels elektronischer Datenübertragung oder per Briefwahl abgegeben werden kann.
Übersteigt die Anzahl der Mitglieder einer Genossenschaft 1.500, dann kann in der Satzung festgelegt werden, dass die Generalversammlung nicht aus den Mitgliedern, sondern nur aus Vertretern besteht. Ein solcher Vertreter kann jedes Mitglied der Genossenschaft werden, das nicht zugleich Mitglied des Aufsichtsrates oder des Vorstandes ist. Die Vertreter werden von allen Mitgliedern der Genossenschaft gewählt. Die Wahl muss allgemein, geheim, gleich und unmittelbar sein. Insgesamt müssen mindestens 50 Vertreter gewählt werden. Keinem von ihnen kann ein Mehrstimmrecht gewährt werden. Die Vertreter können sich auch nicht durch Bevollmächtigte vertreten lassen. Die Satzung muss bestimmen, für wie viele Mitglieder jeweils ein Vertreter zu wählen ist und wie lange ihre Amtszeit ist.
Die Beschlüsse der Generalversammlung werden in einer Niederschrift unter Angabe von Zeit und Ort protokolliert. Neben dem Abstimmungsergebnis muss die Niederschrift den Namen des Vorsitzenden und dessen Feststellung des Ergebnisses beinhalten. Außerdem werden ihr Nachweise über die Einberufung angefügt. Der Vorsitzende sowie alle anwesenden Mitglieder des Vorstandes unterschreiben das Protokoll. Wird die Satzung der Genossenschaft in erheblicher Weise abgeändert, dann muss neben dem Beschluss auch die Anwesenheit sämtlicher Mitglieder oder deren Vertreter bei der Generalversammlung festgehalten werden. Zu den Personen muss jeweils notiert werden, wie viele Stimmen ihnen in der Abstimmung zustanden. Jedes Mitglied der Genossenschaft hat ein Recht darauf, in die niedergeschriebenen Protokolle Einsicht zu nehmen. Außerdem kann es unverzüglich nach Ende der Generalversammlung eine Abschrift verlangen. Die Protokolle müssen von der Genossenschaft aufbewahrt werden.
Eine entscheidende Aufgabe der Generalversammlung ist die Feststellung des Jahresabschlusses. Im Zuge dessen entscheidet sie darüber, wie der Jahresüberschuss verwendet oder Jahresverlust ausgeglichen werden soll. Ihr obliegt es dann auch, den Mitgliedern des Vorstandes und des Aufsichtsrates die Entlastung zu erteilen. All dies hat im ersten Halbjahr des Geschäftsjahres zu erfolgen. Der Jahresabschluss mit all seinen zugehörigen Berichten muss mindestens eine Woche im Voraus in den Geschäftsräumen der Genossenschaft oder sonstigen geeigneten Örtlichkeiten zur Einsicht bereitgelegt werden, damit die Mitglieder der Generalversammlung sich ausreichend informieren können. Sie können sogar verlangen, dass ihnen auf eigene Kosten eine Kopie übersandt wird.
Die Generalversammlung beschließt außerdem über Beschränkungen bei der Kreditgewährung an Schuldner und über die Festsetzung von Zeit und Höhe der Geschäftsanteile, soweit die Einzahlungen nicht in der Satzung geregelt sind.
Beschlüsse der Generalversammlung können vor Gericht angefochten werden, wenn die Verletzung der Satzung oder eines Gesetzes gerügt wird. Dazu berechtigt ist jedes Mitglied der Generalversammlung, das gegen den Beschluss einen Widerspruch zur Aufnahme in das Protokoll verkündet hat, oder das nicht an der Generalversammlung teilgenommen hat. Im letzteren Fall muss sich die Anfechtung allerdings auf die unzulässige Nichtzulassung oder die nicht ordnungsgemäße Einberufung der Generalversammlung richten. Außerdem sind alle Mitglieder des Vorstandes oder des Aufsichtsrates zur Anfechtung berechtigt, wenn sie sich mit der Umsetzung des Beschlusses strafbar machen würden. Eine derartige Konstellation ist beispielsweise im Rahmen eines Insolvenzverfahrens denkbar. Gegner der Anfechtungsklage ist die Genossenschaft selbst. Diese wird dabei durch den Vorstand und den Aufsichtsrat vertreten, falls es sich hierbei nicht selbst um die Kläger handelt. Die Klage ist zu erheben bei dem Landgericht, in dessen Bezirk die Genossenschaft ihren Hauptsitz hat. Gibt das Gericht der Klage statt, dann erklärt es den betroffenen Beschluss für nichtig. Dieses Urteil wirkt gegenüber allen Mitgliedern der Genossenschaft, nicht nur gegenüber den Klägern der Anfechtungsklage.