Die wichtigste Möglichkeit zur Mitwirkung der Bürgerinnen und Bürger einer Gemeinde, bei der es eine Entsprechung auf der Bundesebene gar nicht gibt, ist das Bürgerbegehren und der Bürgerentscheid. Die Gemeindebürger können über die Angelegenheiten des eigenen Wirkungskreises der Gemeinde einen Bürgerentscheid beantragen, der Antrag wird dabei auch als Bürgerbegehren bezeichnet. Aber auch der Gemeinderat kann beschließen, dass über einen zu klärenden Sachverhalt in der Gemeinde ein Bürgerentscheid stattfinden soll. Jedoch findet ein Bürgerentscheid nicht über die Angelegenheiten statt, für welche nach dem Gesetz der erste Bürgermeister zuständig ist. Außerdem nicht über Fragen der inneren Organisation der Gemeindeverwaltung, über die Rechtsverhältnisse der Gemeinderatsmitglieder, der Bürgermeister und der Gemeindebediensteten und über die Haushaltssatzung.
Das Bürgerbegehren muss schließlich bei der Gemeinde eingereicht werden und eine mit ja oder nein beantwortbare Frage sowie eine Begründung enthalten, außerdem sind bis zu drei Personen benennen, welche als Vertreter fungieren sollen. Wichtig ist, dass das Bürgerbegehren nur von Personen unterzeichnet werden darf, welche an dem Tag der Einreichung des Bürgerbegehrens auch Gemeindebürger sind. Für die Feststellung der Zahl der gültigen Unterschriften ist das von der Gemeinde zum Stand dieses Tages anzulegende Bürgerverzeichnis maßgebend. Das Wahlamt der Gemeinde prüft daher diesen Punkt der Zulässigkeit.
Ein Bürgerbegehren muss ein bestimmtes Quorum erreichen, also eine Mindestanzahl von Unterschriften von Bürgern der Gemeinde tragen. Bei Gemeinden mit bis zu 10 000 Einwohnern müssen es zehn Prozent sein, also 1000 Unterschriften. Bei 50 000 Einwohnern müssen es noch sieben Prozent sein und bei Großstädten mit mehr als 500 000 Einwohnern müssen immerhin drei Prozent der Bürger das Begehren unterschreiben. Über die Zulässigkeit des Bürgerbegehrens entscheidet der Gemeinderat schnellstmöglich, spätestens innerhalb eines Monats nach der Einreichung des Bürgerbegehrens. Sollte dieser das Begehren als unzulässig zurückweisen, so kann man gegen diese Entscheidung eine Klage vor dem zuständigen Verwaltungsgericht ohne ein benötigtes Vorverfahren einreichen. Ist die Zulässigkeit des Bürgerbegehrens vom Gemeinde- oder vom Stadtrat einmal festgestellt worden, so darf bis zur Durchführung des Bürgerentscheids eine anderweitige Entscheidung in dieser Sache nicht mehr getroffen werden. Auch darf die Gemeinde in dieser Sache nicht einfach tätig werden um Tatsachen zu schaffen. Der Bürgerentscheid selbst ist an einem Sonntag innerhalb von drei Monaten nach der Feststellung der Zulässigkeit des Bürgerbegehrens durchzuführen, wobei allerdings eine Verlängerung auf sechs Monate möglich ist, insofern die Vertreter des Begehrens zustimmen.
Beim Bürgerbegehren ist jeder Gemeindebürger stimmberechtigt. Auch eine Abstimmung mittels eines Brief ist einzurichten. Die Kosten der Abstimmungsdurchführung, also insbesondere die für die Ladung, für den Druck, für die Wahllokale und für die Abstimmungshelfer, muss die Gemeinde aus ihrem eigenen Haushalt tragen. Bei den Großstädten sind in Fragen, welche nur die Bürger eines einzelnen Stadtbezirkes treffen, auch Bürgerentscheide denkbar, welche nur innerhalb des Bezirks durchgeführt werden. Der Bürgerentscheid gilt dann als entschieden, wenn sich eine Mehrheit für ja oder für nein entschieden hat. Zu beachten ist jedoch, dass ein Bürgerentscheid an einer zu geringen Abstimmungsbeteiligung scheitern kann. Bei einer möglichen Stimmengleichheit gilt im Übrigen die Frage als mit nein beantwortet. Sollen an einem Tag mehrere Bürgerentscheide zugleich stattfinden, hat der Gemeinderat eine Stichfrage mit abzudrucken, falls sich die Antworten gegenseitig ausschließen. Im Zweifel ist diese Stichfrage entscheidend.
Der Bürgerentscheid hat die Wirkung eines Beschlusses des Gemeinderats und kann innerhalb eines Kalenderjahres nur durch einen neuen Bürgerentscheid geändert werden, außer es hat sich die Sach- oder die Rechtslage massiv verändert. Zur Information der Bürgerinnen und Bürger werden den Beteiligten von der Gemeinde die gleichen Möglichkeiten wie bei Gemeinderatswahlen eröffnet. Sie dürfen also für ihre Sache werben. Nach der Auszählung ist das Ergebnis öffentlich zu verkünden, beispielsweise im Ortsanzeiger. In manchen Orten wird das Ergebnis heute noch mittels einer Durchsage verkündet. Die Gemeinde hat sich im Anschluss an die Entscheidung zu halten und muss auch entsprechend tätig werden. Die Bürgerbegehren sind ein wichtiges Recht der Bürger und eigentlich auch ein scharfes demokratisches Schwert. Allerdings scheitern viele Bürgerbegehren an der Zulässigkeit, da die Vertreter manche Voraussetzungen nicht beachten, wie dass nur Gemeindebürger, also die Bürger mit Erstwohnsitz in der Gemeinde unterschreiben dürfen. Gerade in Universitätsstädten, in denen Studierende oft nur mit Zweitwohnsitz gemeldet sind, können manche Angelegenheiten deswegen nur schwer auf diese Weise angegangen werden. Das Quorum ist aber auch so eine Hürde, da sich viele Bürgerinnen und Bürger aus Gleichgültigkeit oder aus Bequemlichkeit nicht in entsprechende Unterschriftenlisten eintragen oder schlicht nicht an dem Sonntag zur Abstimmung gehen.