Bei einem Werkvertrag wird die Vergütung meist von den beiden Vertragsparteien, also dem Unternehmer und dem Werkbesteller, im Vertrag festgelegt. Ist das nicht der Fall, dann gilt die übliche Vergütung als vereinbart, nämlich die, die bei Werken solcher Art üblicherweise zu erwarten ist.
Es kann aber auch sein, dass vor der Erstellung des Werkes ein Kostenvoranschlag durchgeführt worden ist. Grundsätzlich muss dieser vom Unternehmer nicht eingehalten werden. Er muss es allerdings unverzüglich dem Besteller anzeigen, wenn die Kosten höher werden als erwartet. Tut er dies nicht, kann der Besteller eventuell Schadensersatzforderungen geltend machen. Allerdings ist für den Besteller nicht möglich die höhere Vergütung zu umgehen, denn schließlich hat er, wenn das Werk ordnungsgemäß erbracht worden ist, eine Besserstellung durch die Erstellung des Werkes erlangt.
Etwas anderes kann dann gelten, wenn der Besteller einen Pauschal- oder Einheitspreis mit dem Unternehmer geschlossen hat und sich der Unternehmer daran durch den Vertrag gebunden hat. Dann kann der Unternehmer gegebenenfalls keinen Anspruch auf eine höhere anfallende Vergütung geltend machen. Ob solch ein Preis vereinbart wurde muss durch Auslegung ermittelt werden. Dazu muss überprüft werden, inwieweit der Unternehmer das Risiko des Teurerwerdens auf sich nehmen wollte und ob er sich an den Preis binden wollte. Die Vergütung ist in der Regel bei Abnahme des Werkes durch den Besteller fällig. Erfolgt die Abnahme vom Besteller wegen Mängeln am Werk nicht, dann ist die Vergütung auch nicht fällig.
Möglich ist auch, dass ein Teil der Vergütung schon während der Werkerstellung gezahlt werden soll, dann finden sogenannte Abschlagszahlungen statt. Dies wird vertraglich geregelt und ist häufig bei langen Werkverträgen der Fall, zum Beispiel wenn ein Gebäude gebaut werden soll. So erhält der Werkunternehmer die Sicherheit, nicht für das Risiko der Insolvenz des Bestellers eintreten zu müssen, weil er dann seine Vergütung teilweise schon erlangt hat.
Zahlt der Besteller die Vergütung nicht, obwohl er das Werk wirksam abgenommen hat, dann hat der Unternehmer ein Werkunternehmerpfandrecht. Das heißt, er kann das Werk als Pfand nehmen.
Beispiel: Der Unternehmer A repariert für B eine wertvolle Uhr vertragsgemäß und ohne Mängel. A kann die Vergütung nicht zahlen, weil er momentan pleite ist. Deshalb behält B die Uhr als Pfand. Wenn der A den B nun auf Zahlung der Vergütung verklagt und einen Titel erlangt, kann das Pfand verwertet werden indem es durch den Gerichtsvollzieher gepfändet wird.
Bei Grundstücken kann ebenfalls eine Sicherung erfolgen und zwar im Wege einer Sicherungshypothek an dem Grundstück. Wenn also der Besteller die Vergütung nicht zahlt, dann hat der Unternehmer ein Recht zur Eintragung dieser Sicherungshypothek und kann dann eventuell Befriedigung aus dem Grundstück erlangen. In der Praxis ist dies häufig schwierig, da bei einem Neubau das Grundstück meist schon so weit durch Kreditgeber belastet ist, so dass eine Sicherungshypothek wegen des Rangverhältnisses im Grundbuch kaum noch Sinn macht.