Die Vorschriften über die Gemeinsame Handelspolitik wurden sowohl bereits durch den Vertrag von Amsterdam als auch durch den Vertrag von Nizza geändert und finden sich jetzt im Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union. Inhaltlich entsprechen sie aber größtenteils den alten Vorschriften aus dem Vertrag zur Gründung der Europäischen Gemeinschaft, wobei die Vorschriften über die Vereinheitlichung der Ausfuhrbeihilfen sowie über die Verhinderung der Verlagerung von Handelsströmen entfallen sind.
Die Gemeinsame Handelspolitik wird im Rahmen der Grundsätze und Ziele des auswärtigen Handelns der Union gestaltet. Dadurch wird ihre vormals besondere Stellung als quasi einziges und zentrales außenpolitisches Handlungsfeld der Europäischen Union aufgehoben und sie wird in das auswärtige Handeln insgesamt eingefügt. Im Rahmen des Kompetenzumfanges wird die Beseitigung der Beschränkungen bei den ausländischen Direktinvestitionen, die eine zunehmende Bedeutung bei der internationalen wirtschaftlichen Verflechtung spielen, ausdrücklich in den Zielkatalog mit aufgenommen. Zusätzlich werden in den sachlichen Anwendungsbereich auch das Abkommen über den Handel mit Dienstleistungen sowie die Handelsaspekte des geistigen Eigentums gezogen.
Die Gemeinsame Handelspolitik wird nach einheitlichen Grundsätzen gestaltet. Daraus folgerte der Gerichtshof der Europäischen Union früh eine ausschließliche Kompetenz der damaligen Europäischen Gemeinschaft. Der Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union ordnet die Gemeinsame Handelspolitik nunmehr ausdrücklich und vollständig den erstmalig aufgezählten ausschließlichen Kompetenzen der Europäischen Union zu. Dabei werden dann zukünftig auch der Abschluss von völkerrechtlichen Verträgen über den Handel mit Dienstleistungen, die Handelsaspekte des geistigen Eigentums sowie die ausländischen Direktinvestitionen erfasst. Dies hat zur Folgen, dass nun die Mitgliedstaaten selbst keine völkerrechtlichen Übereinkommen zur fraglichen Materien schließen dürfen. Eine Ausnahme besteht dann, wenn das Abkommen über den geregelten Bereich hinausgeht.
Das Europäische Parlament und der Rat erlassen im ordentlichen Gesetzgebungsverfahren Verordnungen, durch die die Maßnahmen getroffen werden, mit denen der Rahmen für die Umsetzung der Gemeinsamen Handelspolitik bestimmt wird. Für den Erlass von Sekundärrecht bedeutet dies einerseits für das Europäische Parlament einen enormen Kompetenzzuwachs, da es jetzt nicht nur freiwillig angehört werden muss, sondern nun ein volles Mitentscheidungsrecht besitzt. Zudem bedeutet die Anwendung des ordentlichen Gesetzgebungsverfahrens andererseits eine enorme Schwächung der Kommission. Dieses Verfahren ermöglicht es nämlich, dass Rat und Parlament im Vermittlungsausschuss von dem ursprünglichen Vorschlag der Kommission abweichen, ohne dass dadurch das sonst greifende Einstimmigkeitserfordernis im Rat ausgelöst wird. Für die Aushandlung und den Abschluss völkerrechtlicher Übereinkommen ist weiterhin die Kommission ausschließlich zuständig. Dabei ist allerdings seit Inkrafttreten des Lissabonner Vertrages auch die Zustimmung des Europäischen Parlaments für Abkommen, die in den Bereich der Gemeinsamen Handelspolitik fallen, erforderlich. Zusätzlich dazu ist das Europäische Parlament über den Stand der Verhandlungen zu informieren.