Der Rat hat mit dem Beschluss vom 28. Februar 2002 die Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit errichtet. Ihr vorläufiger Sitz ist in Den Haag. Die Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit hat eine eigene Rechtspersönlichkeit und gehört zu den Einrichtungen der Europäischen Union. Eurojust hat den Auftrag, die Koordinierung und Zusammenarbeit zwischen den nationalen Behörden zu unterstützen und zu verstärken, die für die Ermittlung und Verfolgung von schwerer Kriminalität zuständig sind, wenn zwei oder mehr Mitgliedstaaten betroffen sind oder eine Verfolgung auf gemeinsamer Grundlage erforderlich ist. Sie setzt sich aus je einem Mitglied aus jedem Mitgliedstaat zusammen, welches die Qualifikation eines Staatsanwalts, Richters oder Polizeibeamten besitzt. Die Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit stützt sich dabei auf die von den Behörden der Mitgliedstaaten und von Europol durchgeführten Operationen und gelieferten Informationen.
Das Parlament der Europäischen Union und der Rat setzten gemäß dem ordentlichen Gesetzgebungsverfahren durch Verordnungen den Aufbau, die Arbeitsweise, den Tätigkeitsbereich und die Aufgaben der Europäischen Stelle für justizielle Zusammenarbeit fest. Zu den Aufgaben der Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit kann auch die Einleitung von strafrechtlichen Ermittlungsmaßnahmen gehören sowie Vorschläge zur Einleitung von strafrechtlichen Verfolgungsmaßnahmen, die von den zuständigen nationalen Behörden durchgeführt werden, insbesondere bei Straftaten zum Nachteil der finanziellen Interessen der Europäischen Union. Außerdem gehört zu ihren Aufgaben die Koordinierung der Ermittlungsmaßnahmen und Verfolgungsmaßnahmen sowie Verstärkung der justiziellen Zusammenarbeit, unter anderem auch durch die Beilegung von Kompetenzkonflikten und eine enge Zusammenarbeit mit dem Europäischen Justiziellen Netz.
Früher hatte die Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit durch den Vertrag über die Europäische Gemeinschaft keine Kompetenz zur Durchführung eigenständiger Strafverfolgung. Sie war vielmehr darauf beschränkt, die zuständigen nationalen Behörden zu ersuchen, in Erwägung zu ziehen, zu bestimmten Tatbeständen Ermittlungen zu führen oder die Strafverfolgung aufzunehmen. Ferner konnte die Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit die mitgliedstaatlichen Strafverfolgungsbehörden ersuchen, sich damit einverstanden zu erklären, dass eine andere Behörde gegebenenfalls bestimmte Ermittlungen oder Strafverfolgungsmaßnahmen effektiv wahrnehmen kann. Durch den Vertrag von Lissabon wird also der Zuständigkeitsbereich der Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit erweitert und sie erfährt dadurch eine Stärkung und Aufwertung. Bei der Erfüllung seiner Aufgaben arbeitet die Europäische Stelle für justizielle Zusammenarbeit mit dem Europäischen Justiziellen Netz zusammen. Sie muss sich auch mit diesem abstimmen. Dieses Netzwerk wurde im Jahre 1998 eingerichtet. Das Europäische Justizielle Netz wird aus Kontaktstellen gebildet, welche innerhalb der einzelnen Mitgliedstaaten errichtet werden sind. Die zwischenstaatlichen Beziehungen der Strafverfolgungsbehörden sollen durch sie erleichtert werden.