Der Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union regelt die Grundsätze der polizeilichen Zusammenarbeit der Europäischen Union. Danach entwickelt die Europäische Union eine polizeiliche Zusammenarbeit zwischen allen zuständigen Behörden der Mitgliedstaaten, einschließlich der Polizei, des Zolls und anderer auf die Verhütung oder die Aufdeckung von Straftaten sowie entsprechende Ermittlungen spezialisierter Strafverfolgungsbehörden. Für diese Zwecke können das Parlament der Europäischen Union und der Rat gemäß dem ordentlichen Gesetzgebungsverfahren Maßnahmen erlassen, die das Einholen, Speichern, Verarbeiten, Analysieren und den Austausch sachdienlicher Informationen betreffen, die die Unterstützung bei der Ausbildung und Weiterbildung von Personal sowie Zusammenarbeit in Bezug auf den Austausch von Personal, die Ausrüstungsgegenstände und die kriminaltechnische Forschung betreffen, sowie Maßnahmen, die gemeinsame Ermittlungstechniken zur Aufdeckung schwerwiegender Formen der organisierten Kriminalität betreffen.
Es ergeben sich dabei im Rahmen der polizeilichen Zusammenarbeit durch den Vertrag von Lissabon zwar keine Zuständigkeitserweiterungen der Europäischen Union. Es ergeben sich aber sehr wohl verfahrensrechtliche Änderungen dadurch, dass die verschiedenen Bereiche der polizeilichen Zusammenarbeit unterschiedlichen Gesetzgebungsverfahren unterliegen. Durch den Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union wird auch weiterhin als rechtlich eigenständige Strafverfolgungsbehörde und Polizeibehörde der Europäischen Union das 1995 gegründete Europäische Polizeiamt tätig. Am 1. Juli 1999 nahm dann das Europäische Polizeiamt seine Aufgaben auf. Es hat den Auftrag, die Tätigkeit der Polizeibehörden und der anderen Strafverfolgungsbehörden der Mitgliedstaaten zu unterstützen. Ferner fällt in seinen Aufgabenbereich deren gegenseitige Zusammenarbeit bei der Verhütung und Bekämpfung der zwei oder mehr Mitgliedstaaten betreffenden schweren Kriminalität, des Terrorismus und der Kriminalitätsformen, die ein gemeinsames Interesse verletzen, das Gegenstand einer Politik der Europäischen Union ist, und zu verstärken.
Das Parlament der Europäischen Union und der Rat legen gemäß dem ordentlichen Gesetzgebungsverfahren durch Verordnungen den Aufbau, die Arbeitsweise, den Tätigkeitsbereich und die Aufgaben des Europäischen Polizeiamtes fest. Zu den Aufgaben gehören das Einholen, Speichern, Verarbeiten, Analysieren und Austauschen von Informationen, die insbesondere von den Behörden der Mitgliedstaaten oder Drittländern beziehungsweise Stellen außerhalb der Europäischen Union übermittelt werden. Das Europäische Polizeiamt muss auch für die Koordinierung, Organisation und Durchführung von Ermittlungen und von operativen Maßnahmen sorgen, die gemeinsam mit den zuständigen Behörden der Mitgliedstaaten oder im Rahmen gemeinsamer Ermittlungsgruppen durchgeführt werden. Dies soll gegebenenfalls in Verbindung mit der Europäischen Stelle für justizielle Zusammenarbeit erfolgen. Durch Verordnung wurden auch die Einzelheiten für die Kontrolle der Tätigkeiten des Europäischen Polizeiamtes durch das Parlament der Europäischen Union festgelegt. Auch die nationalen Parlamente werden an dieser Kontrolle beteiligt. Das Europäische Polizeiamt darf auch operative Maßnahmen wahrnehmen. Aber nur wenn diese in Verbindung und in Absprache mit den Behörden des Mitgliedstaats oder der Mitgliedstaaten geschehen, deren Hoheitsgebiet betroffen ist. Die Anwendung von Zwangsmaßnahmen bleibt aber ausschließlich den zuständigen einzelstaatlichen Behörden vorbehalten.