Mit dem Inkrafttreten des Vertrags von Lissabon wurde der Vertrag über die Europäische Gemeinschaft aufgehoben. Dieser verwies unter anderem auf das Protokoll über die Position des Vereinigten Königreichs und Irland, auf das Protokoll über die Anwendung bestimmter Aspekte des Artikels 26 des Vertrags über die Arbeitsweise der Europäischen Union auf das Vereinigte Königreich und Irland, sowie auf das Protokoll über die Position Dänemarks. Diese Protokolle wiesen dem Vereinigten Königreich, Irland und Dänemark entsprechende Sonderregelungen zu. Das Vereinigte Königreich und Irland werden durch die Protokolle von den Vorschriften über den Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts ausgenommen. Die beiden Staaten haben jedoch die Möglichkeit, dem Ratspräsidenten mitzuteilen, dass sie sich einer Maßnahme auf Grundlage der internen Politiken und Maßnahmen der Union und im Besonderen den Vorschriften über den Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts beteiligen können. Irland hat davon Gebrauch gemacht. Es hat einzelne Bestimmungen bezüglich des Schengenraums angenommen. Dänemark hat sich allerdings zunächst nicht an den Maßnahmen beteiligt. Jetzt kann Dänemark jedoch den anderen Mitgliedstaaten mitteilen, von dem Protokoll insgesamt oder von Teilen des Protokolls keinen Gebrauch zu machen.
Zum 25. März 2001 konnte der Schengen Besitzstand auch in Dänemark, Finnland, Schweden sowie Norwegen in Kraft gesetzt werden, nachdem 1999 ein Übereinkommen zwischen der Europäischen Gemeinschaft und Island und Norwegen über die Assoziierung dieser Staaten bei der Umsetzung, Anwendung und Entwicklung des Schengen-Besitzstandes geschlossen wurde. Die Staaten Estland, Lettland, Litauen, Malta, Polen, die Tschechische Republik, die Slowakei, Slowenien und Ungarn, welche im Jahre 2004 der Europäischen Gemeinschaft beigetreten waren, wenden mittlerweile den Schengen-Besitzstand in vollem Umfang an. Personalkontrollen an den Landgrenzen und Seegrenzen sind am 21. Dezember 2007 und an Flughäfen am 30. März 2008 weggefallen. Noch nicht zum Schengen-Besitzstand gehören die Staaten Zypern, Bulgarien und Rumänien. Auf der Grundlage von Assoziierungsabkommen aus dem Jahre 2004 und 2008 ist nun auch die Eidgenossenschaft Schweiz Teil des Schengen-Besitzstandes. Auch wurde mit dem Fürstentum Lichtenstein im Jahre 2008 ein Assoziierungsabkommen über die Anwendung des Schengen-Besitzstands geschlossen. Dieses ist allerdings noch nicht in Kraft getreten. Gemäß des Protokolls über den in den Rahmen der Europäischen Union einbezogenen Schengen- Besitzstand wurde der Schengen-Besitzstand durch den Vertrag von Amsterdam vom 2. Oktober 1997 in den Rahmen der Europäischen Union einbezogen. Die entsprechenden Beschlüsse hatte der Rat am 20. Mai 1999 gefasst und für Teile des Schengen-Besitzstandes die Vorschriften über die Freizügigkeit, des freien Dienstleistungsverkehrs und Kapitalverkehrs als Rechtsgrundlage bestimmt.
Der Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union legt fest, dass alle weiteren Bestandteile ihren Charakter als Recht der Europäischen Union behalten. Für die Politik der Europäischen Union und ihre Umsetzung bezüglich der Vorschriften über den Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts gilt der Grundsatz der Solidarität und der gerechten Aufteilung der Verantwortlichkeiten unter den Mitgliedstaaten. Dies soll auch in finanzieller Hinsicht gelten. Außerdem soll um die finanziellen Belastungen zu tragen der Europäische Flüchtlingsfonds die Mitgliedstaaten unterstützen. Die aufgrund Vorschriften über den Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts erlassenen Rechtsakte der Europäischen Union enthalten, immer wenn dies erforderlich ist, entsprechende Maßnahmen für die Anwendung dieses Grundsatzes.