Der Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union schreibt vor, dass die Europäische Union und die Mitgliedstaaten Betrügereien und sonstige gegen die finanziellen Interessen der Europäischen Union gerichtete rechtswidrige Handlungen mit Maßnahmen bekämpfen, die abschreckend sind und in den Mitgliedstaaten sowie in den Organen, Einrichtungen und sonstigen Stellen der Europäischen Union einen effektiven Schutz bewirken. Um diesen effektiven und gleichwertigen Schutzes in den Mitgliedstaaten sowie in den Organen der Europäischen Union, Einrichtungen der Europäischen Union und sonstigen Stellen der Europäischen Union zu gewährleisten beschließen das Parlament der Europäischen Union und der Rat gemäß dem ordentlichen Gesetzgebungsverfahren nach Anhörung des Rechnungshofs der Europäischen Union die erforderlichen Maßnahmen zur Verhütung und Bekämpfung von Betrügereien, die sich gegen die finanziellen Interessen der Union richten.
Des Weiteren ergreifen die Mitgliedstaaten die gleichen Maßnahmen wie auch die Europäische Union, die sie auch zur Bekämpfung von Betrügereien ergreift, die sich gegen ihre eigenen finanziellen Interessen richten. Ferner schreibt der Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union vor, dass die Mitgliedstaaten unbeschadet der sonstigen Bestimmungen der Verträge ihre Tätigkeit zum Schutz der finanziellen Interessen der Europäischen Union vor Betrügereien koordinieren. Sie sorgen zu diesem Zweck zusammen mit der Kommission für eine enge, regelmäßige Zusammenarbeit zwischen den zuständigen Behörden. Innerhalb der Kommission lag die Zuständigkeit früher für diese Aufgaben bei einer Dienststelle zur Koordinierung der Betrugsbekämpfung. Später wurden die Aufgaben einer Task- Force zur Koordinierung der Maßnahmen zur Betrugsbekämpfung übertragen. In Anbetracht der Ineffizienz der internen Betrugsbekämpfung, welche im geschlossenen Rücktritt der skandalbefangenen Kommission von 1999 gipfelte, hat die Kommission durch den Beschluss vom 28. April 1999 das Europäische Amt für Betrugsbekämpfung als nachgeordnete Dienststelle der Kommission gegründet.
Das Europäische Amt für Betrugsbekämpfung darf Kontrollen, Untersuchungen und auch weitere Maßnahmen durchführen. Diese sollen dem Zweck dienen, gegebenenfalls den Beweis für Betrug, Korruption oder sonstige rechtswidrige Handlungen zum Nachteil der finanziellen Interessen der Europäischen Union zu erbringen. Dabei werden externe und interne Untersuchungen unterschieden. Die externen Untersuchungen umfassen Ermittlungen in den Mitgliedstaaten und Drittstaaten, also beispielsweise nicht in Organen der Europäischen Union. Interne Untersuchungen finden dagegen innerhalb der Organe der Europäischen Union, sowie innerhalb deren weiteren Einrichtungen, Ämtern und Agenturen statt. Das Europäische Amt für Betrugsbekämpfung hat die Möglichkeit in allen Organen, Ämtern und Einrichtungen ohne Vorankündigung und unverzüglich Zugang zu sämtlichen Informationen und Räumlichkeiten zu erhalten. Dabei darf es die Rechnungsführung kontrollieren, Kopien aller Unterlagen und Datenträger anfertigen sowie auch die betreffenden Quellen sicherstellen. Es wurden alle Einrichtungen der Europäischen Union in einer institutionellen Vereinbarung vom Rat, von der Kommission und vom Parlament der Europäischen Union aufgefordert, einen im Anhang der Vereinbahrung beigefügten Standardbeschluss anzunehmen. Dieser soll dem Europäischen Amt für Betrugsbekämpfung die Wahrnehmung seiner Befugnisse ermöglichen.