Der Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union legt Vorschriften über die Grenzkontrollen der Europäischen Union vor. Demnach soll die Europäische Union eine Politik entwickeln, mit der sichergestellt werden soll, dass Personen unabhängig von ihrer Staatsangehörigkeit beim Überschreiten der Binnengrenzen nicht kontrolliert werden, die Personenkontrolle und die wirksame Überwachung des Grenzübertritts an den Außengrenzen sichergestellt werden soll und auch schrittweise ein integriertes Grenzschutzsystem an den Außengrenzen eingeführt werden soll. Um dies zu verwirklichen erlassen das Parlament der Europäischen Union und der Rat in einem ordentlichen Gesetzgebungsverfahren Maßnahmen im Bereich einer gemeinsamen Politik in Bezug auf Visa und andere kurzfristige Aufenthaltstitel.
Dafür kann der Rat Bestimmungen betreffend Pässe, Personalausweise, Aufenthaltstitel oder diesen gleichgestellte Dokumente erlassen, sofern die Verträge hierfür anderweitig keine Befugnisse vorsehen. Der Rat beschließt dann einstimmig nach Anhörung des Parlaments der Europäischen Union darüber. Das Parlament der Europäischen Union und der Rat beschließen ferner Maßnahmen im Bereich über die Kontrollen, denen Personen beim Überschreiten der Außengrenzen unterzogen werden, der Voraussetzungen, unter denen sich Drittstaatsangehörige innerhalb der Europäischen Union während eines kurzen Zeitraums frei bewegen können, in dem Bereich über alle Maßnahmen, die für die schrittweise Einführung eines integrierten Grenzschutzsystems an den Außengrenzen erforderlich sind und schließlich im Bereich über die Abschaffung der Kontrolle von Personen gleich welcher Staatsangehörigkeit beim Überschreiten der Binnengrenzen.
Neu durch den Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union wurde die Kompetenz zur Einführung eines integrierten Grenzschutzsystems an den Außengrenzen eingeführt. Dabei kann zur Wahrung dieser Kompetenz auch auf schon bestehende Einrichtungen zurückgegriffen werden. So wurde im Jahre 2004 die Europäische Agentur für operative Zusammenarbeit an den Außengrenzen der Europäischen Union geschaffen. Diese koordiniert die Mitgliedstaaten in diesem Bereich und unterstützt die Ausbildung von Grenzschutzbeamten. Die Europäische Agentur für operative Zusammenarbeit an den Außengrenzen der Europäischen Union blieb auch nach Inkrafttreten des Vertrags von Lissabon bestehen, da die Europäische Union in die Rechtstellung der Europäischen Gemeinschaft eintrat. Außenrechtsakte behielten also ihre Geltung. Es können aber immer noch Abkommen von Mitgliedstaaten mit Drittstaaten abgeschlossen werden, soweit diese mit dem Recht der Europäischen Union vereinbar sind.
Durch das Protokoll über die Außenbeziehungen der Mitgliedstaaten hinsichtlich des Überscheitens der Außengrenzen, welches dem Vertrag von Amsterdam beigefügt wurde, hatten sich die Mitgliedstaaten diese Möglichkeit vorbehalten. Bezüglich des Überschreitens der Außengrenzen der Mitgliedstaaten wird jetzt auf kurzfristige Aufenthaltstitel beziehungsweise auf ein Aufenthaltsrecht von Drittstaatsangehörigen in der Europäischen Union während eines kurzen Zeitraums abgestellt. Vor Inkrafttreten des Vertrags über die Arbeitsweise der Europäischen Union war die Gemeinschaft zur Regelung der Visaerteilung für Aufenthalte von Drittstaatsangehörigen von bis zu drei Monaten zuständig. Die Verordnung des Parlaments der Europäischen Union und des Rates vom 13. Juli 2009 über einen Visakodex der Gemeinschaft regelt dementsprechend die Verfahren und Voraussetzungen für die Erteilung von Visa für geplante Aufenthalte im Gebiet der Mitgliedstaaten von höchstens drei Monaten oder für Durchreisen durch das Hoheitsgebiet der Mitgliedstaaten.
Neben dieser Verordnung gibt es noch drei weitere für das Gebiet der gemeinsamen Visumspolitik der Europäischen Union. Die Verordnung vom 15. März 2001 regelt die Aufstellung der Liste der Drittstaaten, deren Staatsangehörige beim Überschreiten der Außengrenzen im Besitz eines Visums sein müssen, sowie der Liste der Drittstaaten, deren Staatsangehörige von dieser Visumspflicht befreit sind. Die Verordnung vom 29. Mai 1995 setzt eine einheitliche Visumsgestaltung fest. Drittens die Verordnung vom 18. Februar 2002, welche Regelungen über die einheitliche Gestaltung des Formblatts für die Anbringung eines Visums trifft. Der Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union stellt klar, dass die Zuständigkeit der Mitgliedstaaten für die geografische Festlegung ihrer Grenzen nach dem Völkerrecht hiervon unangetastet bleibt.