Den Gemeinden obliegt die Planungshoheit. Dies bedeutet, dass das Recht zur Aufstellung von Bauleitplänen bereits grundgesetzlich gewährleistet wird. Der Flächennutzungsplan muss allerdings von der höheren Verwaltungsbehörde genehmigt werden. Bei der höheren Verwaltungsbehörde handelt es sich in der Regel um den Regierungspräsidenten oder die Bezirksregierung. Dabei ist das Aufsichtsverhältnis zwischen den Beteiligten als Rechtsaufsicht einzuordnen. Die höhere Verwaltungsbehörde darf also nur die Rechtmäßigkeit, nicht jedoch die Zweckmäßigkeit des Flächennutzungsplans prüfen. Über die Zweckmäßigkeit hat allein die Gemeinde im Rahmen ihrer Planungshoheit zu entscheiden.
Inhaltlich kann die höhere Verwaltungsbehörde das Verfahren der Bauleitplanung sowie die Übereinstimmung mit den gesetzlichen Vorschriften prüfen. Problematisch wird die Prüfungskompetenz im Bereich der Interessenabwägung. Der Gemeinde obliegt es grundsätzlich selbst zu bestimmen, welche Interessen zu beachten und wie diese zu bewerten sind. Aus diesem Grund beschränkt sich die Kontrolle durch die höhere Verwaltungsbehörde auf den Abwägungsvorgang und sein ordnungsgemäßes Verfahren.
Die höhere Verwaltungsbehörde darf die Genehmigung nur dann versagen, wenn der Flächennutzungsplan in einer nicht ordnungsgemäßen Art und Weise zustande gekommen ist oder er in Widerspruch zu gesetzlichen Vorschriften steht. Dabei muss es sich nicht zwangsläufig um solche des Baurechts handeln. So sind zum Beispiel auch kommunalrechtliche Normen denkbar.
Bestehen Versagungsgründe und ist es nicht möglich, diese auszuräumen, kann die höhere Verwaltungsbehörde in räumlicher oder sachlicher Hinsicht Teile des Flächennutzungsplans von der Genehmigung ausnehmen. Daraus dürfen sich jedoch keine Rückwirkungen auf die übrigen Teile des Plans ergeben. Dies wäre beispielsweise der Fall, wenn die höhere Verwaltungsbehörde einzelne Windkraftanlagen aus dem Flächennutzungsplan ausnimmt, da diese im Widerspruch zum Naturschutz stehen.
Die höhere Verwaltungsbehörde hat binnen einer Frist von 3 Monaten über die Genehmigung zu entscheiden. Einzelne räumliche oder sachliche Teile des Flächennutzungsplans können bereits im Voraus genehmigt werden. Stellt die höhere Verwaltungsbehörde bei der nächst höheren Behörde einen Antrag auf Fristverlängerung, kann dieser genehmigt werden. Voraussetzung dafür ist allerdings das Vorliegen eines wichtigen Grundes. Die Verwaltungsbehörde kann räumliche und sachliche Teile des Flächennutzungsplans vorweg genehmigen. In der Regel ist lediglich eine Verlängerung der Frist um weitere 3 Monate möglich. Sollte die Fristverlängerung erfolgen, muss die Gemeinde darüber informiert werden. Ihre Belange werden durch eine Fristverlängerung beeinträchtigt, sodass eine Informationspflicht gerechtfertigt ist. Wird die Genehmigung nicht innerhalb der Frist unter Angaben von Gründen abgelehnt, so gilt sie als erteilt. Dies bedeutet, dass eine Genehmigungsfiktion eintritt. Obwohl die Genehmigung tatsächlich nicht abgegeben wurde, hat sich der Gesetzgeber für das Überwiegen der Belange der Gemeinde entschieden. Die höhere Verwaltungsbehörde muss also tätig werden, damit die Genehmigungsfiktion nicht eintritt.
Wird die Genehmigung erteilt, ist dies ortsüblich bekannt zu geben. Dadurch erlangt der Flächennutzungsplan Wirksamkeit. Ferner muss ihm eine zusammenfassende Erklärung beigefügt werden, in der darüber berichtet wird, in welcher Form die Belange der Umwelt und die Ergebnisse der Öffentlichkeits- und Behördenbeteiligung Berücksichtigung finden konnten in dem Flächennutzungsplan.
Darüber hinaus muss der Flächennutzungsplan Informationen darüber enthalten, aus welchen Motiven er nach Prüfung und Abwägung der in Betracht kommenden anderweitigen Planungsmöglichkeiten auserkoren wurde. Der Flächennutzungsplan sowie die Begründung und die zusammenfassende Erklärung sind von jedem Bürger einsehbar. Ferner kann jeder Bürger Auskunft über den Jedermann kann den Flächennutzungsplan, die Begründung und die zusammenfassende Erklärung einsehen und über deren Inhalt Auskunft verlangen.
Beschließt die Gemeinde eine Änderung oder eine Ergänzung des Flächennutzungsplans, so kann sie mit dem Beschluss darüber gleichzeitig festsetzen, dass er in der neuen Fassung erneut bekannt zu machen ist.