Die Gemeinde hat verschiedene Möglichkeiten, die Agrarstruktur im Gemeindegebiet zu verbessern. So muss sie beispielsweise bei der Vorbereitung sowie der Durchführung von städtebaulichen Maßnahmen auch Maßnahmen zur Verbesserung der Agrarstruktur berücksichtigen. Hierbei handelt es sich um die Berücksichtigungspflicht der Gemeinde. Wenn zu erwarten ist, dass solche Maßnahmen zur Verbesserung der Agrarstruktur zu Auswirkungen auf die bauliche Entwicklung des Gemeindegebiets führen können, so muss die Gemeinde darüber entscheiden, ob sie Bauleitpläne aufstellt oder ob sonstige städtebauliche Maßnahmen im Gemeindegebiet durchgeführt werden sollen. Hierbei spricht man auch von der Prüfungspflicht der Gemeinde.
Eine ähnliche Prüfungspflicht besteht auch für die obere Flurbereinigungsbehörde. Im Verfahren der Bauleitplanaufstellung muss diese prüfen, ob entweder eine Flurbereinigung oder aber andere Maßnahmen erforderlich sind, die zur Verbesserung der Agrarstruktur beitragen können.
Ferner bestehen Regelungen über eine frühzeitige Beteiligung. Um diese zu gewährleisten, muss die Gemeinde sowohl die Flurbereinigungsbehörde als auch weitere Stellen, die Maßnahmen mit dem Ziel der Verbesserung der Agrarstruktur durchführen, bereits in einem frühen Stadium beteiligen. Dadurch wird eine verbesserte Koordination unter den öffentlichen Stellen gewährt. Bereits bei der Vorarbeit für die Aufstellung der Bauleitpläne sollen andere öffentliche Stellen mit einbezogen werden.
Unter einer Flurbereinigung, die unter anderem auch als Flurneuordnung bekannt ist, versteht man ein Bodenordnungsverfahren, welches die Neuordnung des land- und forstwirtschaftlichen Grundbesitzes bezweckt. Wenn ein solches Verfahren bevorsteht oder bereits angeordnet wurde, muss die Gemeinde rechtzeitig Bauleitpläne aufstellen. Eine Ausnahme besteht lediglich dann, wenn sich die Flurbereinigung aller Wahrscheinlichkeit nach nicht auf die bauliche Entwicklung des Gemeindegebiets auswirkt. Dabei sollen die Gemeinde und die Flurbereinigungsbehörde ihre das Gemeindegebiet betreffenden Absichten so frühzeitig wie möglich aufeinander abstimmen. Hierbei handelt es sich um eine Abstimmungspflicht. Diese dient der frühzeitigen Koordinierung einzelner Maßnahmen und der Information der beteiligten öffentlichen Stellen über die geplanten Maßnahmen.
Eine Änderung der Planungen bis zum Abschluss der Flurbereinigung ist grundsätzlich nicht vorgesehen. Das Abstimmungsgebot ist gerade auf einen Konsens ausgerichtet, der bei nachträglichen Änderungen der Absichten schnell gefährdet sein könnte. Aus diesem Grund sind nachträgliche Änderungen der Planungen lediglich dann zulässig, wenn sich die Flurbereinigungsbehörde und die Gemeinde über die Änderung der Planung geeinigt haben oder wenn zwingende Gründe diese Änderung erfordern. Dadurch werden die Einheitlichkeit und die gute Zusammenarbeit der beteiligten Stellen gewahrt. Zwingende Gründe für die Änderung der Planungen liegen beispielsweise dann vor, wenn die Bauleitpläne an die Ziele der Raumordnung angepasst werden müssen.
Weitere Regelungen bestehen über die Auswirkungen städtebaulicher Maßnahmen auf die Agrarwirtschaft. Wird im Zuge einer städtebaulichen Maßnahme ein land- oder forstwirtschaftlicher Betrieb ganz oder auch nur zum Teil in Anspruch genommen, so soll die Gemeinde gemeinsam mit dem Eigentümer des Betriebs besprechen, ob dieser einen anderen land- oder forstwirtschaftlichen Betrieb oder land- oder fortwirtschaftliches Ersatzland haben möchte. Wenn dies zutrifft, soll die Gemeinde sich darum kümmern, dass der Eigentümer geeignetes Ersatzland erhält und ihm Grundstücke als Ersatzland zur Verfügung stellen, die sich in ihrem Eigentum befinden. Dies ist allerdings nur insoweit möglich, wie sie die Grundstücke nicht für eigene Aufgaben benötigt.
Ferner besteht die Möglichkeit, auf einen Antrag der Gemeinde hin mit der Zustimmung der höheren Verwaltungsbehörde ein Flurbereinigungsverfahren einzuleiten. Voraussetzung dafür ist, dass der den von der städtebaulichen Maßnahme Betroffenen entstehende Landverlust auf einen größeren Kreis von Eigentümern verteilt ist oder dass Nachteile für die allgemeine Landeskultur, die durch die städtebaulichen Maßnahmen entstehen, vermieden werden sollen. In beiden Fällen kann ein Flurbereinigungsverfahren bereits zu einem Zeitpunkt angeordnet werden, in dem noch kein rechtsverbindlicher Bebauungsplan besteht. Allerdings muss der Bebauungsplan bereits vor Bekanntgabe des Flurbereinigungsplans in Kraft getreten sein um von dieser Möglichkeit Gebrauch machen zu können.